1.雙雜交探針：就是在兩條寡核苷酸雜交探針上分別標記熒光供體基團和熒光受體基團，兩基團的激發(fā)光光譜有一定程度的重疊。對兩條探針的要求是，其與靶核酸的雜交位置應相互鄰近。當兩條探針與靶基因同時雜交時，兩個熒光基團靠得很近，其間的距離在1~10 nm(通常為1~5個堿基)，依據(jù)FRET原理，在供體基團一定波長的激發(fā)光作用下，發(fā)生能量傳遞，從而激發(fā)受體基團發(fā)射另一種熒光，熒光強度和PCR反應中DNA合成量成正比。

2.染料法：SYBR Green I是一種比較常見的熒光染料，可以非特異的結(jié)合雙鏈DNA小溝，它可以嵌合進DNA雙鏈，但不結(jié)合單鏈。當SYBR Green I在溶液面未結(jié)合雙鏈DNA時，僅產(chǎn)生很少的熒光，當它結(jié)合雙鏈DNA時，就發(fā)射出很強的熒光信號。

3.TaqMan探針：TaqMan探針是一個與模板特異性結(jié)合的熒光探針，它的 5'端標記有熒光報告基團(Reporter, R)，3'端標記有熒光淬滅基團(Quencher, Q)。當探針完整的時候，熒光基團和淬滅基團距離很近，使得熒光基團發(fā)射的熒光被淬滅。